保持一致，但加班费的计算方式和支付标准存在显著差异。以下是对您问题的具体分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条【加班工资标准】
“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”
- 适用解释：该条文规定了加班费的计算标准，明确了不同情形下的支付比例。虽然综合计算工时制与标准工时制在加班认定上存在区别，但加班费的计算基数（即“工资”）的确定原则是一致的，即应为劳动者正常工作时间的工资报酬。
《工资支付暂行规定》第十三条【加班工资计算】
“实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。实行综合计算工时工作制的劳动者，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。”
- 适用解释：该条文明确了综合计算工时制下加班费的支付原则。其核心在于，以综合计算周期（如周、月、季、年）内的总工作时间是否超过法定标准工作时间为判断标准，超过的部分即为延长工作时间，应支付加班费。但该条文未对计算基数作出特别规定，因此应适用前述的一般性原则。
《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条【综合工时制审批】
“企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。”
- 适用解释：该条文规定了综合计算工时制的审批条件，强调其平均工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这从侧面印证了综合计算工时制下，加班费的计算基础仍为法定标准工作时间，进而影响加班费的计算基数。
一、加班费计算基数的确定
- 结论：实行综合计算工时工作制，加班费的计算基数通常与标准工时制一致，即劳动者正常工作时间的工资报酬。
- 分析：综合计算工时制与标准工时制的核心区别在于工作时间计算的周期不同，而非加班费的计算基数不同。计算基数通常为劳动合同中约定的工资标准，或根据劳动者正常出勤情况确定的工资报酬。用人单位不能因实行综合计算工时制而单方面降低计算基数。
二、综合计算工时制下加班费的特殊性
尽管计算基数可能一致，但综合计算工时制下加班费的认定和计算方式与标准工时制有显著区别：
加班时间的认定：在综合计算周期内，劳动者实际工作总时间超过该周期法定标准工作时间的部分，即属于延长工作时间（即“加班”）。超过部分，用人单位需支付加班费。
加班费的计算方式：
- 延长工作时间加班费：对于超过法定标准工作时间的部分，应按不低于工资的150% 的标准支付加班费。
- 休息日加班费：综合计算工时制下，不区分休息日加班。因为该制度允许用人单位在周期内灵活安排工作时间，休息日工作本身并不当然构成“加班”，只有当周期内总工作时间超过法定标准工作时间时，才需支付加班费，且该加班费属于“延长工作时间”的范畴。
- 法定节假日加班费：用人单位安排劳动者在法定节假日工作的，无论该日是否属于综合计算周期内的法定工作日，均应按照不低于工资的300% 的标准支付加班费。
三、结论与建议
结论：实行综合计算工时工作制，加班费的计算基数原则上不因工时制度的不同而变化，仍应为劳动者正常工作时间的工资报酬。但其加班费的计算方式和支付标准因工时制度的特殊性而有所调整，主要体现在以综合计算周期为基准，仅对超过法定标准工作时间的部分支付加班费，且休息日工作一般不单独计算加班费。
建议：
核实计算基数：劳动者应首先确认劳动合同或用人单位规章制度中关于加班费计算基数的约定，确保其符合法律规定。
明确工时记录：劳动者应妥善保存考勤记录、工资单等证据，以准确核算在综合计算周期内的实际工作时间。
计算加班费：在计算周期结束时，将实际工作时间与法定标准工作时间进行对比。若超过，则要求用人单位对超过部分按不低于150%的标准支付加班费；若法定节假日工作，则按不低于300%的标准支付。
寻求法律途径：如用人单位未依法支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
